Hastaya yapılan her işlemin bir komplikasyonu  olabildiği gibi ERCP işlemine bağlı olarak da  bazı komplikasyonları gelişebilmektedir.  ERCP işlemi  öğrenme eğrisini tamamlamış, tecrübeli profesyoneller tarafından yapıldığında oldukça güvenlidir. Buna rağmen bazı komplikasyonlar ile karşılabilmektedir. 

ERCP ye bağlı en sık görülen komplikasyonlar 

• Pankreatit (pankreas bezi iltihabı)

• Kolanjit (safra yolu enfeksiyonu)

• Kolesistit (safra kesesi enfeksiyonu)

• İnce bağırsakta (delinme) perforasyon 

• Kanama'dır. 

Bu komplikasyonlar (riskler) tüm hastaların sadece %5-7'sinde görülür.  Adı geçen komplikasyonların çoğu ameliyat gerekmeksizin tedavi edilebilir.  Ancak seçilmiş vakalarda cerrahi operasyon tedavide tek seçenek olarak karşımıza çıkabilmektedir. 

Tedavide kullanılan sakinleştirici ya da anestezik (hipnotik) ilaçların bazı hastalarda yan etkileri olabilir. 

Hastaların en sık şikayeti işlem sırasında verilen hava nedeniyle geçici olarak oluşan gaz sancısıdır.  İşlem sonrasında hasta hareket etmeye başladığında gazını çıkararak rahatlar.